Основним завданням підрозділу внутрішнього аудиту апарату є надання начальнику обласної військової адміністрації об’єктивних і незалежних висновків та рекомендацій щодо:
1) функціонування системи внутрішнього контролю та її удосконалення;
2) удосконалення системи управління;
3) запобігання фактам незаконного, неефективного та нерезультативного використання бюджетних коштів та інших активів;
4) запобігання виникненню помилок чи інших недоліків у діяльності обласної державної адміністрації, її апарату та структурних підрозділів, районних державних адміністрацій, підприємств, установ, організацій, закладів, що належать до сфери їх управління.